2025-04-03

Version 45

悟空云服务器全面升级！新增DEWNA模块，画九象限图模块。优化画漏斗图模块，SIMCA模块，动态网络生物标志物DNB模块，pseudoQC模块，EnrichVisBox模块，NAguideR模块，均值移动模型聚类（Mean-Shift Clustering）模块，画和弦图模块，画南丁格尔玫瑰图模块，画相关性图模块。录制悟空云使用视频第五十期《动态网络生物标志物DNB》，第五十一期《DEWNA动态熵权网络分析》，第五十二期《评估肿瘤纯度》，第五十三期《秩秩超几何重叠分析RRHO》，第五十四期《一致性聚类分析》，第五十五期《GO和KEGG富集分析自备背景库》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2024-09-30

Version 44

新增随机森林树分类预测模块（可选最优种子），弹性网络回归模块，限制性立方样条分析模块，PTMoreR模块。优化序列比对kegg富集分析模块，方差敏感性分析模块，画中断bar图模块，假设检验模块，层聚类分析模块，数据标准化模块，画火山图模块，画树状图模块，画热图模块，画富集结果图模块，视频资料模块。录制悟空云平台使用交流第四十五期《文章部分复现I_数据制备和预处理（NC的一篇文章）》，第四十六期《文章部分复现II_统计分析（NC的一篇文章）》，第四十七期《文章部分复现III_功能分析和机器学习（NC的一篇文章）》，第四十八期《限制性立方样条分析》，第四十九期《PTMoreR》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2024-05-24

Version 43

更新悟空云首页，新增双重差分模块，随机森林树回归模块，画流星图模块，配对散点连线图（第二版）模块，画分组带误差线的点图模块；优化多个独立实验得到的P值组合校正分析模块，String模块，数据对数转换模块，Lasso回归模块，画motif模块，画3dbar模块，画和弦图模块，画ROC模块，相关性分类连线图模块，主坐标分析模块，画散点曲线图模块，COG匹配模块，PCA模块，HCA模块，配对散点连线图模块，motifeR模块，混合物模型模块；录制悟空云平台使用交流第四十期《散点回归模块》，第四十一期《KEGG通路图渲染展示》，第四十二期《pseudoQC》，第四十三期《Lasso回归》，第四十四期《随机森林树回归》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2023-12-15

Version 42

新增磷酸化定量数据用蛋白质定量数据校正模块，PHONEMeS (PHOsphorylation NEtworks for Mass Spectrometry)模块，混合物分析模块；优化差异相关性分析模块（DGCA+MEGENA）模块，NAguideR模块，主坐标分析模块，随机森林树模块，变量bar图模块，背景库下载模块，基于HMDB数据库对代谢物进行分类模块，KEGG数据库查看模块，PCA分析模块，聚类分析模块，StatsPro模块，画带圈的散点图模块，画连线散点图模块；录制悟空云平台使用交流第三十六期《磷酸化数据前处理》，第三十七期《差异相关性分析模块》，第三十八期《混合物分析(BKMR)》，第三十九期《方差分析联合成分分析（ASCA）》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2023-08-02

Version 41

新增拉丁超立方采样模块，蛋白质结构域富集分析模块，基因的GO富集分析模块，从文件中提取ID号模块；优化蛋白质组KEGG通路图模块，差异相关性分析模块，StatsPro模块，激酶底物分析模块，COG模块，画交集图模块，画极坐标bar图模块，画中断bar图，画相关性线图模块，画常规矩阵气泡图2模块；录制悟空云平台使用交流第三十三期《悟空云数据分析平台使用整体介绍》，第三十四期《WGCNA》，第三十五期《极坐标bar图》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2023-05-01

Version 40

新增信号熵（Signaling Entropy）计算模块，生存曲线之多因素Cox回归风险因子表格计算功能，画成组柱状图模块；优化两表格关联模块，蛋白质组KEGG通路图模块，KEGG富集分析模块，ID号之间转换模块，画成组柱状图和箱线图，随机森林树模块；录制悟空云平台使用交流第三十期《（分组）柱状图和箱线图》，第三十一期《illustrator最基本使用》，第三十二期《机器学习之随机森林树》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2023-01-31

Version 39

新增KEGG数据库查看模块与KEGG富集分析（自己上传背景库）模块；优化方差敏感性分析模块，非参多因素统计分析模块，差异相关性分析模块，RRHO分析模块，查看图片中的颜色模块，蛋白质组KEGG通路图模块，GO富集模块，KEGG富集模块，COG匹配模块，HMDB数据库代谢物确定（HMDB LC-MS Search）模块，画生存曲线模块，画3d散点图模块，画中断bar图模块，画火山图模块，画桑基图模块；录制悟空云平台使用交流第二十六期《韦恩图交集图模块》，第二十七期《数据前处理需要注意的关键点》，第二十八期《(O)PLS-DA》，第二十九期《KEGG数据库查看与富集模块》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2022-10-01

Version 38

新增画直方图+概率密度图（第二版）模块；优化代谢物富集分析模块，ID号模块，画散点曲线图模块，主成分分析模块，UNIPROT ID号转换（UNIPROT ID Map）模块，画和弦图模块，画韦恩图模块，代谢组数据串烧分析模块，基于HMDB数据库的代谢物确定（LC-MS Search）模块，蛋白质组KEGG通路图模块，motifeR模块；录制悟空云平台使用交流第二十二期《相关性分类连线图》，第二十三期《画覆盖颜色的树状图》，第二十四期《GOplot模块》，第二十五期《MetabGroupS模块》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2022-06-07

Version 37

为适应众多新开发的函数包运行环境，全面升级R语言版本（>4.1.0）以及相关函数包；新增查看小鼠在各组织表达数据库（自建）模块；优化motifeR分析软件，画金字塔展示图模块，假设检验samr模块，画堆叠连线柱状图模块，蛋白质组KEGG通路图模块，画交集图模块，画相关性图模块，画峰度范围排序模块，EnrichVisBox模块；录制悟空云平台使用交流第二十期《GSEA分析》，第二十一期《motifeR软件使用》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2022-04-07

Version 36

新增并更新部分KEGG富集分析的数据库，GO背景库物种数据，画连线散点图模块，画火山图第四版（非P值和倍数变化）模块；并优化画带边缘密度的散点图模块，带圈的散点图模块，画箱线图模块，画火山图（多组学数据一起展示）模块，GSEA GO富集分析模块，GSEA KEGG富集分析模块，缺失值处理模块，StatsPro软件；录制悟空云使用交流视频第十八期《GO富集分析之自己准备背景库》，第十九期《多种形式火山图展示》。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2022-01-05

Version 35

新增方差分析联合成分分析（ANOVA-Simultaneous Component Analysis）并编写相关资料文档，StatsPro工具（该工具已发表在Journal of Proteomics上），KEGG数据库代谢物确定模块，One Class SVM模块；并优化HMDB数据库代谢物确定（HMDB LC-MS Search）模块，画带圈的散点图模块，画热图模块，冗余分析模块，EnrichVisBox模块，两表格关联模块，缺失值填充模块，画箱线图模块，GO富集结果可视化模块；录制悟空云平台使用交流视频第十五期（相关性矩阵图(含两个矩阵之间的相关性)）、第十六期（画桑基图图模块的使用）和第十七期（StatsPro工具的使用），并将前期录制的模块讲解视频放到对应的模块中，以方便用户进行查看学习。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2021-09-07

Version 34

新增画相关性图+网络图第二版模块，EnrichVisBox模块（已发表），GO背景库下载（针对UniProt ID号）模块，画富集结果网络图模块；并优化软聚类分析模块，motifeR模块，火山图（多组数据在一起展示）模块，偏最小二乘法判别分析（PLS-DA）模块，蛋白质组KEGG通路图模块，GO富集结果可视化模块，画相关性线图模块，简单线性模型失拟检验模块，NAguideR模块；录制悟空云平台使用交流视频第十二期（相关性图+网络图）、第十三期（如何有效地求助科研问题）和第十四期（富集分析结果可视化（EnrichVisBox）），并将前期录制的模块讲解视频放到对应的模块中，以方便用户进行查看学习。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2021-06-08

Version 33

新增非参多因素统计分析模块，差异分析非参方法模块，GSEA KEGG富集分析模块，蛋白质组KEGG通路图模块，Reactome分层富集分析模块，画常规矩阵气泡图2（支持画两种数值信息）模块，画bar图和点图模块，新增画变量bar图模块；并优化OPLSDA处理多组数据模块，蛋白质组和代谢组通路富集分析模块，软聚类分析模块，MaxQuant结果提取模块，非线性回归参数估计（NLS）模块，画火山图（多组数据在一起展示）模块，画相关性模块，画两矩阵模块；录制悟空云平台使用交流视频第九期（GO功能和KEGG通路富集分析）、第十期（String网络分析）和第十一期（热图与富集结果关联可视化）。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2021-03-07

Version 32

新增差异相关性分析模块，多个独立实验得到的P值组合校正分析模块，GO分层富集分析模块，画峰度范围排序图模块，火山图（多组数据在一起展示）模块；并优化变异系数计算模块，数据个性化处理模块，数据标准化模块，GO富集分析2模块，层聚类分析模块，BP神经网络模块，缺失值数据处理模块，画相关性图模块，冗余分析模块，NAguideR模块；录制悟空云平台使用交流视频第六期（模糊聚类）、第七期（数据流程式分析举例）和第八期（ID号识别和转换）。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2020-12-08

Version 31

新增差异分析limma模块，画曲线界线的火山图模块，两表格关联模块，韦恩图第二版模块，第二种极坐标Bar图模块；并优化OPLS-DA模块（新增控制是否用点来显示，改变点的形状以及对应颜色的参数），优化UniProt ID号转换模块（解决ID号类型显示错误的问题，方便用户查看学习），优化motifeR模块（修复对修饰肽段不进行对齐（pre-aligned）时的报错问题），优化火山图模块（增加修改点的类型和点的大小参数，方便用户调整），优化从整个fasta文件中批量提取蛋白质的序列模块（新增统计序列氨基酸的个数结果，方便用户参看整合），优化假设检验模块（优化多组时求倍数变化组别识别出错的问题），优化变异系数计算模块（优化下载变异系数分布图时报错的问题），优化画带圈的散点图模块（修复勾掉置信椭圆参数时依然显示置信椭圆的问题），优化String网络分析模块（由于官网更新，相关旧链接不能使用，更新后可正常分析作图）；录制悟空云平台使用交流视频第四期（主成分分析）和第五期（层聚类分析）。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2020-10-01

Version 30

新增方差敏感性软聚类分析（VSClust）模块，决策曲线分析模块并写相关帮助文档，批量提取fasta中蛋白质序列模块，COG数据库匹配模块，GSEA GO富集分析模块；并优化普通分组散点图模块，优化MetabogroupS模块，优化假设检验模块，优化带圈散点图模块，优化软聚类分析（MFUZZ）模块，优化tsne模块，优化motifeR分析模块，优化带边缘密度的散点图模块；录制悟空云平台使用交流视频第二期（NAguideR使用）和第三期（假设检验）。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2020-08-16

Version 29

新增NAguideR缺失值系统性处理和评价模块，秩秩超几何重叠（RRHO）分析模块并撰写相关帮助文档，分位数标准化方法，检查表格数据模块，并优化偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)模块，优化激酶-底物分析模块，优化motifeR分析模块；录制悟空云平台使用交流视频第一期（表格数据前处理）。最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2020-06-14

Version 28

新增加权线性回归（标曲计算）模块并撰写相关帮助文档，新增去除重复并计算模块并撰写相关帮助文档，新增画中断bar图模块并撰写相关帮助文档，新增IPI ID号转Uniprot ID号模块，给基因组KEGG通路图模块写帮助文档，给KEGG富集分析模块添加物种，并优化画和弦图模块，优化基因组KEGG通路图模块，优化PCA网络图部分，优化画火山图模块；最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2020-05-01

Version 27

从这一版开始，站主会逐渐对悟空云中稍微复杂的模块编写介绍信息，以及推荐用户在使用某一模块后还可以多了解下其他可能有关联的模块，此目的主要为了方便用户更好的了解和使用悟空云中的所有模块，以及从这里能学习到一些数据分析的知识点。在该版中，我们新增了双向正交偏最小二乘法模块，序列比对可视化模块，序列比对可视化（第二版）模块并撰写相关介绍，GO功能查找模块，画森林图模块，求倍数变化模块（多组数据时会很方便）模块并撰写相关介绍，查看各蛋白质在ProteomicsDB数据库中被鉴定到的情况模块并撰写相关介绍，并优化自适应助推法（Adaboost）模块，均值移动聚类模块，序列比对GO富集模块，稍微复杂些的相关性网络图模块，相关性网络图模块，代谢物确定（LC-MS Search）模块，OPLS-DA模块，假设检验模块，motifeR模块；最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2020-02-15

Version 26

新增分组计算变异系数模块，一致性聚类分析模块，画成组箱线图模块，分组点线圆圈图模块，散点热图第二版模块；优化数据表转换模块，画功能关联图模块，motif分析中文版模块，假设检验分析模块，GO富集分析第二版模块，PLS-DA模块。并修复一些用户反馈的问题。

2019-12-22

Version 25

新增pseudoQC分析模块（站主已发表的工具），motieR模块（站主已发表的工具），KEGG代谢组通路熵方法，画相关性连线图模块，画误差线bar图模块；优化KEGG富集分析模块，GO富集分析（自己上传背景）模块，Lasso回归模块，气泡包裹图模块，多组学富集模块，PCA分析模块，画变量气泡图模块，OPLS-DA模块，OPLS-DA分析（可针对多组样本）模块，画密度热图模块，GO富集分析第二版模块，画箱线图模块；最后修复一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2019-10-01

Version 24

新增灰色关联模块，代谢物KEGG富集分析模块，GO富集分析第二版模块，画常规矩阵气泡图模块，画三元图模块，画条件分类树，画和弦图，画旭日图，画瀑布图模块，画相关性线图模块；优化代谢组KEGG通路图模块，画Venn图模块，画热图模块，WGCNA模块，GOplot模块，ID号查询模块，OPLS-DA分析（可针对多组样本）模块，基因组和代谢组KEGG通路图（KEGG Pathway）模块，画聚类图模块，MFUZZ模块，画两矩阵间的相关性图模块；最后修复一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2019-08-15

Version 23

在这一版中我们继续升级了悟空云服务器，并且新增医学数据处理模块，后续会抽时间继续更新优化相关功能。新增冗余分析RDA模块，传统DNB模块，CSN模块，画相关性图+网络图模块，画热图+趋势图模块，画气泡图模块，画桑基图模块，画生存曲线图模块，画趋势密度分布图模块，画气泡包裹图模块，画功能关联图模块；优化代谢物LC-MS查询模块，画雷达图模块，GO富集结果模块，假设检验模块，GOblast模块，画ROC模块，画稍复杂的相关性网络模块，蛋白质组和代谢组富集模块；最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2019-06-06

Version 22

这一版我们升级了悟空云服务器，更改了悟空云官方网址，并且将可视化模块中的每一个功能都用对应的输出图片展示，这样方便用户更好的了解对应的模块都做了什么。新增失拟检验模块，评估肿瘤纯度模块，画稍微复杂些的相关性网络图模块，画配对连线散点图模块，画鱼图模块，画分组配对连线图，画李克特量表(Likert Scale)数据可视化模块，画Bar图+假设检验模块；优化线性判别分析模块（是否添加标签），画树状图（覆盖颜色）模块，线性回归诊断模块，代谢物富集分析模块，词云显示不全的问题，丰富雷达图功能；最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2019-04-07

Version 21

新增MCMC回归模块，肽段Motif分析模块，画交叉误差线点图模块，画3D散点图模块，画极坐标花瓣图模块，画树状图覆盖颜色模块；优化假设检验模块，缺失值填充模块，画火山图模块，决策树模块，标准化模块提示框显示形式；最后修正一些其他已知bug和用户反馈的一些问题。

2019-02-21

Version 20

新增GOplotweb模块，UNIPROT ID号转换模块，贝叶斯变量筛选模块，非线性拟合参数估计模块，从图片中提取颜色模块，msp转txt文件模块；并增加画金字塔展示图模块，画云雨图模块；优化缺失值填充模块、PLS-DA模块部分结果显示不出的问题、PCA模块数据多时显示问题、相关性图2模块、词云模块、画motif图模块。最后修正一些其他已知bug。

2018-12-09

Version 19

新增均值移动聚类模块，新增提取MaxQuant结果模块，新增数据Log转换模块，新增画漏斗图模块，并优化画维恩图模块，优化画相关性网络图模块，优化PDF文本分析模块，优化HCA显示的问题，优化OPLS-DA模块，修复PLS-DA下载的问题。最后修正一些已知bug。

2018-10-08

Version 18

新增主坐标分析（PCOA）模块，生成颜色图例模块，快速选择R包模块，PDF文本挖掘模块，高斯混合模型聚类模块，画线条流动图模块等众多新功能。此外，也新增两个站主已发表的模块：MetaboGroupS模块和MixProTool模块，使用云平台任何模块都欢迎引用这两篇文章。优化蛋白质组数据处理流程模块等，并修复一些已知bug。

2018-08-07

Version 17

新增深度学习识别图片内容模块，至此，悟空云平台现已支持数据前处理，（单元和多元）统计分析，富集分析，常规机器学习（监督和非监督），深度学习（DL），画图，文献书籍资料查询搜索，文本分析等内容。此外，新增ViziometricsR模块，数据表转换模块，对图片进行打点模块，画柱状图和概率密度分布图模块，画普通分组散点图模块，画极坐标bar图模块，优化upset交集图模块等，并修复一些已知bug。

2018-06-07

Version 16

新增聚类选择变量模块（可辅助我们选择特征变量），线性判别分析（LDA）模块，因子分析模块，此外也新增一些画图功能，如概率分布图画图模块，画网络图模块（网络图更加具有立体感），并优化googlefilterR模块，使其更加稳定，PLS-DA模块，GO富集分析柱状图可视化模块，KEGG富集模块等，并修复一些已知bug。

2018-04-13

Version 15

新增googlescholarR文献查询功能，googlefilterR搜索引擎，书籍查询，监控CRAN官网R函数包模块，Lasso回归模块，apcluster模块，求两个矩阵之间的相关性模块，t-sne模块，代谢物确定模块并将其数据库更新到最新版，此外也新增一些画图功能，如标准化+箱线图模块，并优化交集图模块，火山图作图模块等，并修复一些已知bug。

2018-02-14

Version 14

新增SCI-HUB文献搜索功能，WGCNA流程化处理模块，oplsda处理多组样本模块，PubMed查询与分析模块，宏基因组Tax4Fun功能预测，pdf文件与相应图片格式转换功能。此外也新增一些画图功能，如画ROC曲线，相关性画图第二种画法，小提琴图第二种画法，画堆叠连线柱状图，画带圈的散点图等模块，并修复一些已知错误。

2017-12-15

Version 13

添加第二个模型串烧模块（串烧插线版，主要针对代谢组数据处理），该模块主要将处理代谢组常用方法组合在一起（目前涵盖：数据前处理---数据质量控制---统计分析---通路富集分析---可视化等功能），以求方便使用并提高大家数据处理的效率。此外也新增自己上上传背景库做GO分析、稳定的逻辑回归、画数值分布图等模块，并优化KEGG通路图显示、数据标准化处理、维恩图等模块、也修复一些已知错误。

2017-11-15

Version 12

新增多组学富集分析模块，其目前主要针对蛋白质组和代谢组数据，其中也是主要整合了KEGG、Reactome、WikiPathways等数据库中人的数据，此外也新增ID号查询模块、画桑基图功能、画载荷矩阵网络图，并优化HCA作图模块、GO分析作柱状图、GO富集分析的结果展示、相关性网络模块结果展示，也修复一些已知错误。

2017-10-19

Version 11

新增代谢物通路富集模块，其中主要整合了KEGG、Reactome、WikiPathways等数据库中人的数据，且支持常见几种代谢物ID号之间的转换，此外也新增箱线图模块、生存分析之求样本量模块，并优化相关性图颜色参数设置、GO结果作图、烂笔头印象派等模块，也修复一些已知错误。

2017-09-24

Version 10

新增模型串烧板块（主要针对蛋白质组数据处理），该板块旨在将各个模块串连起来对数据进行系统地分析，以求达到更加简易的目的，在第一个串连的模块中，涵盖了数据清洗---统计分析---功能分析---可视化等功能，并在各个模型中又进行了进一步的优化。此外还增加了层次分析法，并修复一些已知错误。

2017-07-23

Version 9

新增数据筛选、监督学习模型（随机森林树、支持向量机、前馈神经网络、反向传播神经网络）、非监督学习模型（SOM、Kmeans模型）等分析模块，并修复一些已知错误。至该版，悟空数据分析平台已经涵盖数据清洗---统计分析---功能分析---可视化---机器学习等各个层面，目前共有49个大类模块可供大家使用和学习。

2017-07-12

Version 8

新增回归诊断、各类逻辑回归、决策树分类、助推法分类、激酶-底物富集分析、画气泡图、画小提琴图等功能，优化了相关性分析模块，并修复一些已知错误。

2017-06-13

Version 7

新增关联规则分析、功效分析等模块，添加了画带边缘密度的散点图功能，优化了PCA、HCA模块，并修复一些已知错误。

2017-04-30

Version 6

悟空数据处理与分析平台全新改版，形式上，版面重新规划与布局；内容上，新版的平台在以往的基础上，新添加读取.xlsx或.xls数据文件功能，支持一些数据个性化操作;新增OPLSDA，SIMCA数据分析模块，并推出一键出报告的功能模块，方便大家使用。

2016-10-31

Version 5

添加画树状图（dendrogram）、motif图、词云图、ID号转换功能，并改善KEGG柱状图显示。此外又增加在指定物种下blast序列并做KEGG分析的功能，其支持现有4325个物种数据库，并修复一些已知错误。

2016-08-10

Version 4

开放一个新版块‘烂笔头印象派’。假设检验中新增支持每一个对象在多组之间的检验，添加了画QQ Plot图、以及蛋白质String网络图等功能，并修复一些已知错误。

2016-07-25

Version 3

更换了服务器，访问速度和计算能力有很大提升。添加了画韦恩图、相关性网络图、以及蛋白质组学后处理分析（如：GO分类、富集、KEGG分析等）等功能，并修复一些已知错误。

2016-06-19

Version 2

添加了处理缺失值（NA）方法、假设检验，画相关性图、火山图、定量比较图等功能，并修复一些已知错误。

2016-06-08

Version 1

蛋白质组学常用方法：PCA（PLS-DA）、HCA、Mfuzz，俗称“三板斧”。

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